Se emplean técnicas de microbiología molecular para la investigación agroalimentaria, con especial atención a diferentes aspectos de la seguridad alimentaria. Destacan las técnicas genómicas y metagenómicas, en particular las basadas en secuenciación masiva NGS (Next Generation Sequencing) para la caracterización genética de aislados y comunidades microbianas de interés agroalimentario, por ejemplo, para conocer de una manera integral el proceso de producción de alimentos fermentados (productos lácteos o embutidos), así como sus posibles alteraciones.
Asimismo, permite abordar proyectos como, por ejemplo, el papel de la cadena de producción de alimentos de origen animal en la dispersión de la resistencia a distintos antibióticos, el estado de esta situación ambientes hospitalarios y la persistencia y propagación de esas resistencias en el medio y en cada una de las fases de la producción alimentaria hasta el consumidor final.
Se puede llevar a cabo la determinación de microorganismos patógenos y microbiota alterante de los alimentos mediante técnicas convencionales y mediante PCR.
También, se aborda el estudio y caracterización de riesgos alimentarios (virus entéricos o protozoos emergentes) en la producción de alimentos para garantizar la seguridad a lo largo de la cadena alimentaria (con especial atención a las especies del género Campylobacter y Listeria monocytogenes). Para ello se realizan estudios de microbiología ambiental en plantas de procesado.
